Il DOB è nato in attuazione della Delibera del Consiglio Regionale della Lombardia del 29 luglio 1999 (Piano Oncologico regionale per il triennio 1999-2001 e istituzione dei Dipartimenti oncologici in Lombardia) pubblicata il 3 settembre 1999. Gli Spedali Civili di Brescia sono Istituzione di Riferimento del XVIII° Dipartimento Oncologico della Regione Lombardia. L'Amministrazione degli Spedali il 2 dicembre 1999 ha istituito il Dipartimento trasmettendo la relativa Delibera alla Regione Lombardia. Si tratta di un Dipartimento provinciale, e cioè diversamente caratterizzato rispetto a quelli aziendali.

Il Dipartimento Oncologico Bresciano, come gli altri Dipartimenti provinciali (e gli 8 della Città di Milano, poi riunitisi nel cosiddetto “DOM”) nasce per contribuire al raggiungimento degli obiettivi generali indicati dalla Regione Lombardia in ambito oncologico, e cioè alla riduzione della mortalità specifica per neoplasie maligne, al miglioramento dell'assistenza e della qualità di vita del paziente oncologico, anche grazie all’ innalzamento della qualità complessiva delle cure, al miglioramento dell'organizzazione con una integrazione funzionale dei settori che si occupano di oncologia; infine, lo sviluppo della prevenzione attraverso interventi mirati, in collaborazione con le attività in tal senso svolte dalla ASL di Brescia e dalla ASL di Valle Camonica.